1. ช่วงก่อตั้งและเริ่มดำเนินการ (พ.ศ. 2539 – 2547)

บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม เริ่มจัดตั้งเมื่อวันที่ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2539 โดยในสมัยนั้น มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษมมีสถานะเป็นสถาบันราชภัฏจันทรเกษม ได้แต่งตั้งคณะกรรมการจาก 5 คณะวิชา ได้แก่ คณะครุศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี คณะวิทยาการจัดการ คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ คณะเกษตรและอุตสาหกรรม เพื่อเตรียมความพร้อมเกี่ยวกับหลักสูตรในระดับบัณฑิตศึกษา โดยมีรองศาสตราจารย์พรรณี เดชกำแหง เป็นประธานโครงการ บัณฑิตวิทยาลัยได้เปิดสอนในระดับบัณฑิตศึกษาในปี พ.ศ. 2541 และในปี พ.ศ. 2545 บัณฑิตวิทยาลัยได้มีบัณฑิตสำเร็จการศึกษาและได้รับพระราชทานปริญญาบัตรเป็นปีแรกจากสาขาวิชาการบริหารการศึกษา และสาขาวิชาสังคมศาสตร์เพื่อการพัฒนา จำนวนรวม 9 คน

2. ช่วงพัฒนาการและขยายศักยภาพการจัดการเรียนการสอน (พ.ศ. 2547 – 2552)

บัณฑิตวิทยาลัยได้มีการปรับปรุงหลักสูตรเดิมให้มีศักยภาพทางวิชาการมากขึ้น ประกอบกับสถาบันราชภัฏจันทรเกษมได้มีการปรับเปลี่ยนสถานะเป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ในปี พ.ศ. 2547 บัณฑิตวิทยาลัยได้มีการพัฒนาหลักสูตรใหม่เพิ่มขึ้นหลายหลักสูตรทั้งในระดับปริญญาโท และปริญญาเอก โดยมีหลักสูตรระดับปริญญาโทใน 4 หลักสูตร รวม 14 สาขาวิชา ระดับปริญญาเอกใน 3 หลักสูตร รวม 6 สาขาวิชา นอกจากนี้ยังได้ขยายพื้นที่การจัดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษาไปยังพื้นที่ศูนย์การศึกษาต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษมด้วย ได้แก่ ศูนย์การศึกษาจันทรเกษม-สรรคบุรี จังหวัดชัยนาท ศูนย์การศึกษาจันทรเกษม-โรงเรียนสตรีอ่างทอง จังหวัดอ่างทอง ศูนย์การศึกษาจันทรเกษม – โรงเรียนรัตนาธิเบศร์ จังหวัดนนทบุรี และศูนย์การศึกษาจันทรเกษม-สหะพาณิชย์ กรุงเทพมหานคร

3. ช่วงปรับหลักสูตรตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติและปรับบทบาท

3.1 ช่วงปรับหลักสูตรตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ (พ.ศ. 2553 – 2558)

ปี พ.ศ. 2552 กระทรวงศึกษาธิการได้ออกประกาศ เรื่อง กรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ (มคอ.) เพื่อให้สถาบันอุดมศึกษานําไปจัดทําหลักสูตรหรือปรับปรุงหลักสูตรและจัดการเรียนการสอน เพื่อให้คุณภาพของบัณฑิตในสาขา หรือสาขาวิชาของแต่ละระดับคุณวุฒิมีมาตรฐานใกล้เคียงกัน ดังนั้น ในช่วงปี พ.ศ. 2553 เป็นต้นมา บัณฑิตวิทยาลัยจึงได้มีการพัฒนาและปรับปรุงหลักสูตรตามกรอบมาตรฐานดังกล่าว ซึ่งทำให้หลายหลักสูตรไม่มีการปรับปรุงหลักสูตร และไม่ได้รับนักศึกษาใหม่อย่างต่อเนื่องเกินกว่า 2 ปี รวมถึงไม่ได้จัดการเรียนการสอน แต่ยังมีนักศึกษาคงค้างอยู่จำนวน 11 หลักสูตร ส่วนหลักสูตรที่มีการปรับปรุงหลักสูตรและยังมีการจัดการเรียนการสอนอยู่จำนวน 4 หลักสูตรสาขาวิชานั้น ได้ถ่ายโอนสู่คณะ 3 คณะ ได้แก่ หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต สาขาวิชาชีพครู ถ่ายโอนไปคณะศึกษาศาสตร์ หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์ และหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาสหวิทยาการเพื่อการพัฒนา ถ่ายโอนไปคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ และหลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต สาขาวิชาบริหารธุรกิจ ถ่ายโอนไปคณะวิทยาการจัดการ

3.2 ช่วงปรับเปลี่ยนบทบาท (พ.ศ. 2559 – 2566)

ปี พ.ศ. 2559 บัณฑิตวิทยาลัยได้มีการเสนอต่อสภามหาวิทยาลัยปรับเปลี่ยนโครงสร้างและบทบาทหน้าที่หน่วยงานจากหน่วยงานที่จัดการศึกษา มีการผลิตบัณฑิต เป็นหน่วยงานสนับสนุน โดยการผลิตบัณฑิตของแต่ละหลักสูตรถ่ายโอนสู่คณะ การเสนอปรับเปลี่ยนโครงสร้างและบทบาทหน้าที่ได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 5 เมษายน 2560 อย่างไรก็ตาม บัณฑิตวิทยาลัยยังมีภารกิจด้านการผลิตบัณฑิตอยู่สำหรับหลักสูตรที่ไม่มีการปรับปรุงหลักสูตร และไม่ได้รับนักศึกษาใหม่ต่อเนื่องเกินกว่า 2 ปี อีกทั้งไม่มีการจัดการเรียนการสอน แต่ยังมีนักศึกษาคงค้างอยู่ จำนวน 9 สาขาวิชา

4. ช่วงปรับโครงสร้างส่วนงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม

วันที่ 17 มีนาคม 2566 สภามหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษมออกประกาศ เรื่อง การปรับโครงสร้างส่วนงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม โดยให้บัณฑิตวิทยาลัยเป็นงานบัณฑิตศึกษา สำนักส่งเสริมวิชาการและงานทะเบียน